โรงเรียนวัดมะเกลือ เป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ โรงเรียนวัดมะเกลือ ปัจจุบันตั้งอยู่เลขที่ 39/3 หมู่ 4 ตำบลคลองโยง อำเภอพุทธมณฑล จัดหวัดนครปฐม มีเนื้อที่ 7 ไร่ 3 งาน 48 ตารางวา อยู่ติดกับวัดมะเกลือ เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 20 มกราคม พ.ศ. 2476  โดยขุนพรหม สมรรคเดช กำนันตำบลคลองโยง  อำเภอนครชัยศรี และ นายโปรง  มุ้ยจีน (ขุนพิมลบำรุงราช) กำนันตำบลหนองเพรางาย อำเภอบางบัวทอง จังหวัดนนทบุรี เป็นผู้ริเริ่มก่อตั้งขึ้นโดยอาศัยศาลาการเปรียญ วัดมะเกลือ  เปิดสอนตั้งแต่ ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึง ชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 มีนักเรียน 157 คน ครู 3 คน มีนายซุ่นไล้  โลหะเนตร  เป็นครูใหญ่  อยู่ในเขตอำเภอ บางบัวทอง  จังหวัดนนทบุรี
      พ.ศ. 2489 นายสม แจ้งเหตุผล (พระอาจารย์สม จนทสิริ) ผู้อุปการะโรงเรียนได้หาเงินสร้างอาคารเรียนชั่วคราว สำหรับนักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 และชั้นอื่น ๆ ที่เรียนที่ศาลาการเปรียญ
        27 กันยายน 2500  ได้โอนโรงเรียนมาอยู่ในการควบคุมดูแลของอำเภอนครชัยศรี จังหวัดนครปฐม เพราะสะดวกในการคมนาคม
       มีนาคม 2506 พระครูศิริชัยวัฒน์ เจ้าอาวาสวัดมะเกลือ กำนันผัน สวดมาลัย พร้อมด้วยคณะกรรมการวัด และคณะครูได้ช่วยกันหาเงินบริจาคสร้างอาคารเรียนแบบ 008 กรมสามัญศึกษา ขนาด 10 ห้องเรียน โดยมีนายผิว – นางเจือ กาญจนลักษณ์ เป็นผู้บริจาคเงินสร้างจำนวน 106,000 บาท  สร้างได้ 5 ห้องเรียน โดยวางศิลาฤกษ์ก่อสร้างอาคารเรียนเมื่อวันที่1 มีนาคม 2506 สร้างแล้วเสร็จเมื่อ วันที่ 17 สิงหาคม 2506 จึงได้ขออนุญาตให้เติมสร้อยท้ายชื่อโรงเรียนว่า โรงเรียนวัดมะเกลือ (กาญจนลักษณ์วิทยา)
        พ.ศ. 2507 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 150,000 บาท ต่อเติมอาคารดังกล่าว อีกจำนวน 5 ห้องเรียน ครบตามแบบ และทำพิธีเปิดป้ายอาคารเรียนเมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2508 โดยมีนายพวง พันธุลาภ  ศึกษาธิการจังหวัดนครปฐมเป็นประธาน และมีเลขหมายประจำโรงเรียนคือ นฐ. 45 
          พ.ศ. 2510 เปลี่ยนเป็น นฐ. 29 และในปี พ.ศ. 2530 ได้เปลี่ยนเป็นอักษรย่อ ม.ก.
          20 กุมภาพันธ์ 2510 ทางราชการอนุมัติให้เปิดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1-7
          พ.ศ. 2512 – 2517 ได้รับงบประมาณจากทางราชการให้ก่อสร้างบ้านพักครูรวมทั้งสิ้น จำนวน  7 หลัง
          พ.ศ. 2521 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 80,000 บาท สร้างโรงอาหาร
          พ.ศ. 2524 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 20,000 บาท ประชาชนสมทบอีก 12,00 บาท รวมเป็นเงิน 32,000 บาท ก่อสร้างถังเก็บน้ำฝน
          พ.ศ. 2525 ได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 49,500 บาท ก่อสร้างส้วม 1 หลัง 4 ที่นั่ง
      พ.ศ. 2531 ทางราชการให้เปิดทำการสอนระดับก่อนประถมศึกษา ชั้นอนุบาลปีที่ 1 - 2 และดำเนินการขุดเจาะน้ำบาดาลที่โรงเรียนวัดมะเกลือ ได้รับงบประมาณสมทบกับเงินบริจาคทั้งสิ้ จำนวน 450,000 บาท สร้างถังเก็บน้ำและวางท่อไว้ใช้ภายในโรงเรียน และบริการประชาชน
          พ.ศ. 2534 ได้รับงบประมาณสมทบกับเงินบริจาค จำนวน 985,000 บาท ก่อสร้างอาคารเอนกประสงค์
          1 เมษายน 2534 โรงเรียนได้เปลี่ยนสังกัดจากอำเภอนครชัยศรีมาอยู่กับกิ่งอำเภอพุทธมณฑล
          16 พฤษภาคม 2534 เปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 ตามนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษา มีนักเรียน 55 คน
          ปีงบประมาณ 2539 ได้รับงบประมาณ 3,250,000 บาท สร้างอาคารแบบ 2/28 จำนวน 9 ห้องเรียน (ครึ่งหนึ่งของแบบ)
          ปีงบประมาณ 2541 ได้รับงบประมาณ 110,000 บาท สร้างส้วม 1 หลัง 4 ที่นั่ง
          พ.ศ. 2542 ได้รับเงินบริจาคจากคณะครูและประชาชนก่อสร้างรั้วโรงเรียนทั้งสิ้น จำนวน 484,699  บาท
         31 มีนาคม 2543 คณะกรรมการโรงเรียนร่วมกับคณะครู และประชาชนร่วมกัน จัดงานทำบุญอาคารเรียนและชุมนุมศิษย์เก่า เพื่อหาเงินมาใช้ในการปรับปรุงอาคารสถานที่ เช่น ถมดินบริเวณสนามหน้าโรงเรียน ย้ายแท่นศิลาฤกษ์ ย้ายพระพุทธรูป และทำเขื่อนกันดินทลายที่หลังอาคาร 4 จำนวน 130,000  บาท
         กุมภาพันธ์ 2544  จัดทำสนามเด็กเล่นด้านหลังอาคาร 2  (อาคารอนุบาล) โดยได้รับความอนุเคราะห์บริจาคจากคุณวินัย วิจิตรโสภณ สมาชิกสภาจังหวัดนครปฐม
         กุมภาพันธ์ 2544  ได้รับความอนุเคราะห์จาก  คุณประเสริฐ  สง่าอารีย์กูล  และคณะบริจาคเสาและลวดหนามทำรั้วด้านหลังโรงเรียน
          มิถุนายน 2544  องค์การบริหารส่วนตำบลคลองโยง ได้ก่อสร้างลานกีฬาอเนกประสงค์ หมู่ 4  ในบริเวณสนามโรงเรียนวัดมะเกลือ ขนาด 12.50 x 22.00 เมตร ² หนา 0.12 เมตร งบประมาณ 99,912.00 บาท จากกรมพลศึกษา
         กรกฎาคม 2544 ปรับปรุงระบบไฟฟ้าอาคารอเนกประสงค์ โดยได้รับงบประมาณจากทางราชการ จำนวน 57,500 บาท 
        29 พฤศจิกายน 2544 ทำพิธีเปิดห้องปฏิบัติการคอมพิวเตอร์  โดยพระครูศิริชัยวัฒน์ เจ้าอาวาส วัดมะเกลือ เป็นประธาน มีคอมพิวเตอร์จำนวน 18 เครื่อง งบประมาณ 380,000 บาท โดยคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานจัดทอดผ้าป่าเพื่อการศึกษา ในวันที่ 10  สิงหาคม 2544 โดยมีพระครูศิริชัยวัฒน์  เจ้าอาวาสวัดมะเกลือ เป็นประธาน
         4 ธันวาคม 2544 ทำพิธียกฉัตรพระพุทธรูปประจำโรงเรียนจำนวน 2 องค์ โดยการบริจาคของคณะครูนักเรียน และประชาชน จำนวนเงิน 13,000 บาท
     เมษายน 2545 องค์การบริหารส่วนตำบลคลองโยง ได้ก่อสร้างลานกีฬาอเนกประสงค์ในบริเวณโรงเรียนวัดมะเกลือ งบประมาณ 100,000 บาท จากกรมพลศึกษา
         พ.ศ. 2548 สร้างห้องสหกรณ์โรงเรียนโดยใช้งบประมาณจากงานลอยกระทง จำนวนเงิน76,315 บาท เงินขยายกิจการสหกรณ์ 96,685 บาท คณะกรรมการเครือข่ายผู้ปกครอง 20,000 บาท รวมเป็นเงิน 190,000 บาท
         พ.ศ. 2549 - จัดทำห้องคอมพิวเตอร์ 1 ห้อง โดยได้รับงบประมาณจากผู้ปกครองนักเรียนและคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐาน
                         -  โรงเรียนได้รับเงินอุดหนุนจากสำนักงานกองฉลากกินแบ่งรัฐบาล จำนวนเงิน 150,000 บาท เพื่อจัดซื้อคอมพิวเตอร์จำนวน 10 เครื่อง
        พ.ศ. 2551 - คณะกรรมการหมู่บ้านหมู่ 4 ต.คลองโยง ให้งบประมาณโครงการน้ำดื่มบรรจุถ้วย จำนวน เงิน 100,000 บาท และเครื่องดนตรีไทยและสากล จำนวนเงิน 200,000 บาท
                         -  สร้างอาคารหอสมุดเฉลิมพระเกียรติโดยการทอดผ้าป่า จำนวนเงิน 1,800,000 บาท
        พ.ศ. 2553 - ได้รับงบประมาณ 340,000 บาท สร้างส้วมแบบ สพฐ. จำนวน 1 หลัง 4 ที่นั่งจาก สส.เผดิมชัย  สะสมทรัพย์
                   -  ได้รับงบประมาณโรงเรียนในฝัน จำนวนเงิน 380,000 บาท ปรับปรุงห้องวิทยาศาสตร์ 2 ห้อง , ห้องคณิตศาสตร์ 1 ห้อง , ห้องภาษาไทย 1 ห้อง จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 2
                   - ได้รับงบประมาณโรงเรียนในฝัน จำนวนเงิน 566,000 บาท ในการจัดทำห้องระบบคอมพิวเตอร์จากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 2
                   - ได้รับงบประมาณ 2,840,000 บาท ในการจัดทำห้อง ECC School at Home จากปัจจุบัน โรงเรียนได้เปิดทำการสอน 3 ระดับ คือ ก่อนประถมศึกษา, ประถมศึกษา, มัธยมศึกษา