โรงเรียนวัดมะเกลือ ตั้งอยู่เลขที่ 39/3 หมู่ที่ 4 ตำบลคลองโยง อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม มีเนื้อที่ 7 ไร่  3 งาน 48 ตารางวา อยู่ติดกับวัดมะเกลือ ห่างจากสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษานครปฐม เขต 2 30 กิโลเมตร โรงเรียนตั้งอยู่ในเขตชุมชน มีถนนสายหลักผ่านหน้าโรงเรียน คือ  ถนนศาลายา – บางภาษี มีอาณาเขต ดังนี้
                   ทิศเหนือ          ติดต่อ  ตำบลนราภิรมย์  อำเภอบางเลน  จังหวัดนครปฐม
                   ทิศใต้              ติดต่อ  ตำบลศาลายา  อำเภอพุทธมณฑล  จังหวัดนครปฐม
                   ทิศตะวันออก     ติดต่อ  ตำบลหนองเพรางาย  อำเภอไทรน้อย  จังหวัดนนทบุรี
                   ทิศตะวันตก      ติดต่อ  ตำบลลานตากฟ้า  อำเภอนครชัยศรี   จังหวัดนครปฐม